海关将改革加工贸易传统的监管模式，简化现行手续。实现加工区货物在主管海关“一次报关，一次审单，一次查验”的通关要求。其管理模式与传统的监管模式相比具有较大的优越性，主要有以下几个特征：1.管理手段上强化现代通信技术和计算机网络技术的应用，使用电子数据传输衔接海关之间监管，逐步取代传统的监管；2.区域管理上强化对区域的整体管理，简化对逐个企业的管理；3.加工贸易业务管理上强化对企业开展的加工贸易业务的整体管理，简化对逐个合同的管理；4.货物通关管理上强化对进、出区货物在进出加工区卡口时的实际监管，简化办理通关的手续，逐步满足现代跨国型企业零库存生产的需要。在具体做法上：
（1）海关对加工区采取全封闭、卡口式24小时监管制度。卡口分别设立货物和人员进/出通道。
（2）海关对加工区企业采用计算机管理的模式。海关与区内企业实行计算机联网，进行电子数据的传输和办理通关手续；加工区海关与口岸海关实行计算机联网。
（3）对区内企业开展加工贸易业务不实行加工贸易银行保证金台帐制度，取消《登记手册》，海关改用电子帐簿管理，实行半年一次的总量扣减核销制度。
（4）对区内与境外之间进、出的货物，实行“备案制”管理，货物进（出）口时，由企业填写《中华人民共和国海关进口（出口）货物报关单》作货物进（出）口申报。
（5）加工区与口岸、加工区与加工区之间进/出的货物、物品，采取直通式或转关运输的监管模式，一律在加工区主管海关报关并在卡口查验、放行。
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